A Mesa da Assembleia Geral é o orgão deliberativo máximo da Juniscap. É um espaço onde os membros podem propor e deliberar várias temáticas ou implementações para o bom funcionamento da Juniscap, sendo estas votadas posteriormente.

Aos membros da Mesa da Assembleia Geral compete convocar a Assembleia Geral e divulgar a respetiva ordem de trabalhos, nos termos dos Estatutos; concluir deliberações e registar os votos; e receber todas as propostas e requerimentos e colocá-los à discussão e deliberação.